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Le Microbiome

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Composition et efficience fermentaire du microbiote ruminal : étude de leurs résiliences suite à une perturbation de l’écosystème ruminal chez la chèvre

BERTHELOT V. (1), MOSONI P. (2), PERICARD L. (1), BROUDISCOU L.P. (1)

(1) UMR Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants, INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 75005, Paris, France

(2) Université Clermont Auvergne, INRA, UMR 0454 MEDIS, F-63000, Clermont-Ferrand, France

RESUME
Les ruminants hébergent dans leur réticulo-rumen une communauté microbienne complexe qui dégrade et fermente les végétaux ingérés. Une meilleure compréhension du lien entre structure des communautés microbiennes et fonctions assurées dans le rumen est nécessaire pour accroître la digestibilité des polysaccharides structuraux, diminuer la production de méthane et ainsi promouvoir une production animale durable. En étudiant les effets d’une perturbation consistant à vider le rumen de 12 chèvres canulées taries et à réinoculer chaque rumen
avec un microbiote identique issu de l’homogénéisation des 12 microbiotes, nous avons montré une forte évolution des communautés microbiennes qui sont stabilisées 4 mois après la perturbation sans retour à l’état initial. L’intensité
des fermentations et les productions spécifiques d’acides gras à chaine courte (AGCC) et de gaz ont été estimées lors d’incubations in vitro de court terme avec la ration des chèvres (foin et orge) ou un substrat synthétique. Quel que soit le substrat, l’intensité fermentaire et les productions spécifiques d’AGCC et de gaz ont peu évolué suite à la perturbation. Les variations des intensités et profils fermentaires observés semblent peu expliquer la variabilité observée de la structure compositionnelle du microbiote. Avec une ration riche en fibres, malgré les modifications importantes subies par le microbiote ruminal au niveau structurel, celui-ci reste très résilient sur le plan fonctionnel.
Ces résultats suggèrent que la modulation dirigée de la structure du microbiote ruminal n’est pas un levier d’action efficace sur les intensités et profils fermentaires dans le rumen.

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