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Le Microbiome

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Caractérisation des populations microbiennes des litières en vaches laitières : comparaison entre les types de logement et évolution au cours du temps

PITHON H. (1), POLLET B. (1), HYRONIMUS B. (2), ROULLEAU X. (3)

(1) Dietaxion – 283 rue Ampère, ZAC de la Noë Bachelon, 44430 Le Loroux Bottereau

(2) Cobiotex – 283 rue Ampère, ZAC de la Noë Bachelon, 44430 Le Loroux Bottereau

(3) Teraxion - 283 rue Ampère, ZAC de la Noë Bachelon, 44430 Le Loroux Bottereau

RESUME
L’élevage est perpétuellement en évolution et de nouveaux challenges apparaissent aujourd’hui : absence de pâturage, surdensité animale, haute production laitière. Autant de facteurs qui favorisent la prolifération de micro-organismes et donc le risque d’apparition de pathologies bactériennes (mammites d’environnement, dermatites digitées, diarrhées…). Distinguer le niveau de risque bactérien environnemental devient alors un enjeu hautement stratégique pour adapter le management d’élevage. Et pourtant très peu de travaux sont menés et de publications réalisées sur cette étude de la contamination environnementale.
Ce travail, mené par le laboratoire Cobiotex, vise à caractériser la composition microbienne des litières des vaches laitières, qu’elles soient sur logettes ou aires paillées. Plus de 130 analyses réalisées au cours des 10 dernières années ont été rassemblées dans une méta-analyse et 5 familles de bactéries ont été quantifiées : Flore mésophile anaérobie totale (FMAT), Bactéries lactiques (BL), Flores sporulées (Sp), Entérobactéries (ENT), Coliformes fécaux (Cf), Levures-moisissures (LM) et Anaérobies sulfito-réductrices (ASR).
L’analyse a permis de montrer que la qualité des litières a évolué avec le temps grâce aux pratiques d’élevage : il y a 10 fois moins d’ENT et de Cf entre 2010 et aujourd’hui. Il y a, par contre, également une baisse des flores bénéfiques Sp et de plus en plus d’ASR. L’analyse plus fine des résultats selon le mode de logement a permis de montrer que les logettes semblent globalement moins contaminées que les aires paillées ou les litières accumulées (aire paillée de plus de 6 semaines).
Un deuxième travail sur la même base de données sera mené afin de démontrer l’efficacité de l’ensemencement de bactéries bénéfiques sélectionnées pour rétablir un équilibre microbiologique plus sain pour les animaux d’élevage.

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