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Plans d’accouplements sur la base d’informations génomiques : mieux conseiller les éleveurs en utilisant mieux toute l’information disponible

BERODIER M. (1,2), BROCHARD M. (1,3), BOICHARD D. (2), MINERY S. (4), DUCROCQ V. (2)

(1) MO3 sas, 259 route des Soudanières, 01250 Ceyzériat, France

(2) Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France

(3) UMOTEST, 259 route des Soudanières, 01250 Ceyzériat, France

(4) GenEval, 3 rue du Petit Robinson, 78350 Jouy-en-Josas, France

RESUME
Entre 2012 et 2019, le nombre de femelles Montbéliardes nouvellement génotypées chaque année est passé de 7 280 à 62 453. Les informations issues de leur génotypage permettent aux éleveurs de connaitre leurs index génomiques mais aussi leur statut de porteur potentiel d’anomalie génétique ou de gène majeur ségrégeant dans la race. Ces informations, combinées à l’apparentement génomique, peuvent être utilisées lors de la planification des accouplements dans le but de maximiser le gain espéré pour l’élevage à travers la descendance femelle. Nous avons comparé 5 méthodes différentes de planification des accouplements pour leur capacité à maximiser le niveau génétique attendu de la descendance tout en limitant l’apparentement des couples ainsi que la probabilité de concevoir un embryon atteint d’une anomalie génétique. L’utilisation des informations génomiques conduit à un meilleur retour économique (+11%) à l’éleveur par rapport à l’utilisation des informations pedigree. La stratégie optimisant les accouplements uniquement sur le niveau génétique attendu de la descendance a donné le meilleur résultat sur ce seul critère mais au prix d’une mauvaise gestion de l’apparentement et d’une probabilité plus élevée de concevoir des embryons atteints d’anomalies génétiques. En effet, ces deux derniers critères augmentent respectivement de 5,0% à 7,1% et de 0,15% à 0,58% entre la méthode optimisant une combinaison de l’ensemble de l’information et la méthode optimisant le niveau génétique seul. La méthode de planification des accouplements utilisant l’ensemble des informations génomiques a été adaptée et appliquée afin d’être déployée au travers des outils de planification des accouplements des coopératives adhérentes d’Umotest. En particulier, un module de calcul de parentés génomiques a été mis en place (service GenEval) ainsi qu’un module de calcul de probabilité des génotypes aux différents gènes d’intérêt pour les descendants de l’ensemble des couples et enfin une intégration de ces différentes informations selon une combinaison linéaire proportionnellement à leurs poids économiques associés.

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