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Assignation de parenté par marqueurs SNP chez les bovins français

BARBOTTE L. (1), GENESTOUT L. (1), FRITZ S. (2), CHANTRY DARMON C. (1), BOICHARD D. (1, 3)

(1) LABOGENA, Domaine de Vilvert, 78350 Jouy-en-Josas, France

(2) UNCEIA, Domaine de Vilvert78350 Jouy-en-Josas, France

(3) INRA, UMR 1313GABI, 78350 Jouy-en-Josas, France

INTRODUCTION

Les marqueurs génétiques peuvent contribuer à une
meilleure connaissance des parentés de deux façons : a) si
les parentés sont a priori connues, les marqueurs peuvent les
confirmer, en détectant les parentés fausses. C’est
l’utilisation actuellement la plus fréquente chez les ruminants.
b) si les parentés sont inconnues comme en aquaculture, les
marqueurs peuvent aider à les déterminer,et on parle alors
d’assignation.
Ces 15 dernières années, les marqueurs de choix étaient les
microsatellites, du fait de leur fort polymorphisme (environ 10
allèles par marqueur) mais dont l’inconvénient est
l’impossibilité d’une complète automatisation de la chaîne
d’analyse. On tend actuellement à utiliser les SNP (ou
mutations ponctuelles), moins informatifs (en général 2
allèles) mais dont le génotypage est complètement
automatisable et multiplexable, permettant leur analyse en
grand nombre simultanément.
Cette étude vise à établir les caractéristiques du jeu de SNP
minimum (coût d’analyse le plus bas possible) permettant
une assignation totale dans l’ensemble des populations
françaises. On se place dans des conditions défavorables :
les mères sont non typées, les parents potentiels sont
fortement apparentés et les pères ne sont pas tous typés.

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