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Phenotypage | Ruminants (général)
Les objectifs et les applications d’un réseau organisé de phénotypage pour les animaux d’élevage
HOCQUETTE J.F. (1), CAPEL C. (2), DAVID V. (2), GUEMENE D. (3), BIDANEL J. (4), BARBEZANT M. (5), GASTINEL P.L. (6), LE BAIL P.Y. (7), MONGET P. (8), MORMEDE P. (9), PEYRAUD J.L. (10), PONSART C. (11), GUILLOU F. (8)
(1) Inra, UR1213, URH, Centre de Clermont-Ferrand Theix, 63122 Saint Genès-Champanelle, France
(2) Institut de l’Elevage, 9 Allée Pierre de Fermat, 63110 Aubière, France et 149, rue de Bercy, 75595 Paris cedex 12, France
(3) Sysaaf, Inra, Recherches Avicoles, 37380 Nouzilly, France
(4) Ifip, (5) UNCEIA, (6) France Génétique Elevage, 149, rue de Bercy, 75595 Paris cedex 12, France
(7) Inra, UR UR1037, SCRIBE, 35042 Rennes, France
(8) Inra, UMR 6175, PRC, 37380 Nouzilly, France
(9) Inra, UMR 444, LGC, Chemin de Borde Rouge, Auzeville, 31326 Castanet-Tolosan cedex, France
(10) Inra-Agrocampus Ouest, UMR 1080 Production du Lait, Domaine de la Prise, 35590 Saint-Gilles, France
(11) UNCEIA, UNCEIA R&D. 13 rue Jouët, 94704 Maisons-Alfort cedex, France
RESUME – Dans un contexte d’évolution des demandes vis-à-vis de l’élevage, les projets de recherche-développement en sciences animales doivent être plus systémiques et prédictifs. La mise en place à l’échelle nationale d’un vaste programme de phénotypage a pour ambition d’établir des relations fonctionnelles de plus en plus fines entre le génotype des animaux et leurs phénotypes dans une perspective d’élevage durable au sein des différentes filières animales (ruminants, porcins, volailles, poissons). Ces nouvelles approches impliquent (i) la définition de phénotypes complexes obtenus à partir de l’intégration de données obtenues à différents niveaux (échelles moléculaires, tissulaires, de l’animal ou d’une de ses fonctions, des troupeaux), (ii) la mise en œuvre des dernières méthodes et technologies à haut débit pour caractériser à moindre coût et le plus précisément possible le plus grand nombre d’animaux avec une meilleure prise en compte de leur environnement, et (iii) le développement d’importantes bases de données nécessaire aux traitements des informations à des fins de modélisation. Dans ce contexte, l’obtention d’informations phénotypiques précises, fiables, répétables et comparables entre pays, laboratoires ou entreprises est critique pour acquérir une bonne compréhension de la relation entre les gènes et les phénotypes. Jusqu’à présent, il est en effet extrêmement difficile de combiner différentes sources de données phénotypiques elles-mêmes diverses et issues de bases de données d’origines multiples en raison notamment de la variabilité dans les méthodes de phénotypage et l’absence d’information concernant les conditions d’élevage. Ces programmes impliquent également la construction d’un réseau coordonné d’infrastructures de recherche (laboratoires, unités expérimentales) ou de développement (réseaux d’élevage, fermes expérimentales de la profession). Pour mener à bien ce programme de phénotypage à grande échelle, il faut pouvoir disposer d’un langage commun avec des définitions partagées et non équivoques des caractères et de leur mode de mesures. Pour cela, le programme de phénotypage s’appuiera sur le programme « Animal Trait Ontology of Livestock » (ATOL) développé à l’Inra en collaboration avec l’Université d’Etat d’Iowa (USA) dont l’objectif est de définir précisément les caractères phénotypiques d’intérêt. Ensuite, il sera nécessaire de prioriser les phénotypes d’intérêt en fonction de leur finalité (recherche de gènes candidats / développement d’itinéraires techniques et indexation génomique). Il sera également nécessaire d’associer des informations concernant l’environnement lié au système d’élevage des animaux phénotypés, ainsi que les méthodes de mesure pour interpréter de façon non équivoque les différences phénotypiques entre animaux.
