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Le phénotypage des animaux : le nouveau défi ?

MONGET, P. (1), LE BAIL, P-Y (2)

(1) (2) AGENAE, laboratoire de physiologie de la reproduction et des comportements

(1) INRA UMR85, physiologie de la reproduction et des comportements, F-37380 Nouzilly, CNRS, université de Tours, haras nationaux, F-37380 Nouzilly, France

(2) INRA, UR1037 SCRIBE, campus de Beaulieu, F-35000 Rennes, France

RESUME

Depuis environ deux ans, la génomique a vécu un saut technologique sans précédent en matière de séquençage et de génotypage. Dans l’espèce bovine, une puce permet maintenant de génotyper n’importe quel animal avec plus de 50 000 marqueurs génétiques répartis dans le génome. Rapidement, ce type d’outil sera étendu à plusieurs centaines de milliers de marqueurs et sera généralisé aux autres espèces d’élevage. Parallèlement, les outils d’étude de l’expression des gènes (puce, protéomique, métabolomique) se développent tout aussi rapidement.
C’est la raison pour laquelle le phénotypage le plus complet et le plus fin possible des animaux devient maintenant le facteur limitant dans les études de liaison du phénotype avec le génotype ou l’expression des gènes. Les chercheurs, avec l’aide des unités expérimentales, doivent donc classer leurs animaux en fonction de toutes caractéristiques phénotypiques intéressantes, anatomiques, fonctionnelles, endocriniennes, métaboliques, comportementales etc. Il peut s’agir de caractéristiques "visibles" comme la taille au garrot, les réactions de stress, le comportement social ou sexuel, la durée de l’intervalle entre chaleurs et ovulation, mais aussi de caractéristiques moins visibles sans investigation (biopsie, dissection ...), comme la qualité de la viande, la concentration sérique en hormones ou métabolites, l’aptitude d’un sperme à la congélation etc. Au total, c’est une vision zootechnique et biologique exhaustive “quasi clinique“ que le chercheur, avec l’aide des animaliers, devra désormais avoir des animaux présents dans les unités expérimentales. De plus, ces mesures doivent être standardisées pour être comparables partout dans le monde. Une action est lancée en 2009 par le département Phase sur "l’ontologie du phénotypage" à l’INRA, en étroite collaboration avec James Reecy de l’université de l’Iowa (responsable : Pierre-Yves Le Bail).

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