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Bovins laitiers | Génétique | Génomique
Modèles d’évaluation génomique : application aux populations bovines laitières françaises
GUILLAUME F. (1), FRITZ S. (2), CROISEAU P. (3), LEGARRA A. (4), ROBERT-GRANIÉ C. (4), COLOMBANI C. (4), PATRY C. (2,3), BOICHARD D. (3), DUCROCQ V. (3)
(1) Institut de l’élevage, 149 rue de Bercy, Paris, France
(2) Union nationale des coopératives agricoles d’élevage et d’insémination animale, service génétique, 149 rue de Bercy, 75595 Paris Cedex 12, France
(3) INRA, UMR 1313 génétique animale et biologie intégrative, 78352 Jouy-en-Josas, cedex, France
(4) INRA, UR631 station d’amélioration génétique des animaux, 78352 Jouy-en-Josas, cedex, France
RESUME
La disponibilité de puces denses de SNP a suscité une certaine révolution au niveau international dans le domaine de la sélection des bovins laitiers. En effet, l’information fournie par ces puces permet d’estimer la valeur génétique de reproducteurs dès leur naissance avec une précision nettement supérieure à celle obtenue par un modèle polygénique classique. Plusieurs méthodes sont envisageables et font l’objet de nombreux développements. La méthode actuellement utilisée en France (dite SAM2 pour sélection assistée par marqueurs de seconde génération) offre un bon compromis entre une évaluation rapide reposant sur une information limitée à quelques régions QTL bien confirmées et une bonne précision des valeurs génétiques estimées. Les méthodes d’évaluation génomique au sens strict considèrent quant à elles l’effet de l’ensemble du génome, au risque d’utiliser des régions qui n’ont pas d’effet réel. Leur avantage est de prendre en compte, par construction, la totalité de la variance génétique, là où la SAM2 se limite à une fraction expliquée par les QTL, comprise aujourd’hui entre 40 et 60 % selon les caractères.
La méthode actuellement la plus efficace (BayesB) pose des problèmes de temps de calcul et de définition des paramètres. C’est pourquoi des méthodes alternatives sont proposées. Dans un premier temps, nous passons en revue les différentes familles de modèle d’évaluation génomique, en mettant en avant leur efficacité, leurs avantages et inconvénients respectifs.
Dans un second temps, à l’aide d’un jeu de données issu du programme de sélection assistée par marqueurs SAM2, nous comparons la qualité prédictive d’un ensemble de modèles sur deux échantillons de reproducteurs, de race Holstein et Montbéliard, mis à l’épreuve en 2004 et avec des index sur descendance en 2008. Ces résultats sont comparés à la méthode actuellement mise en œuvre en France (SAM2). La comparaison est effectuée sur des caractères de production.
Les facteurs clés concourant le plus à la réussite d’un programme de sélection génomique sont également dégagés. Enfin, on présente des perspectives d’évolution pour augmenter la précision mais aussi pour disposer de méthodes adaptées aux différentes populations d’élevage.
