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0301. Génomique

Génétique | Génomique | Ruminants (général)

Analyse d’image de filtres à haute densité : méthodes d’acquisition et de traitement.

B. MEUNIER, K. SUDRE, I. CASSAR-MALEK, A. LISTRAT, J-F. HOCQUETTE

INRA, Unité de Recherches sur les Herbivores, 63122 St-Genès-Champanelle, France

INTRODUCTION

L’analyse du transcriptome est basée sur l’hybridation moléculaire de cibles complexes (ARN extraits d’un tissu, rétrotrancrits et marqués) avec un grand nombre de sondes (ADNc correspondant à des fragments de gènes) préalablement déposées sur un support (lame de verre, membrane de Nylon). Les résultats apparaissent sous la forme de "spots" dont l’intensité correspond au niveau d’expression des gènes. L’acquisition de l’image de ces spots est réalisée par un scanner et l’analyse de l’image est généralement effectuée par un logiciel dédié. Le premier objectif de ce travail est de donner quelques recommandations concernant le dépôt des ADNc sur le support, l’acquisition et l’analyse de l’image pour optimiser la qualité des résultats. Ensuite quelques techniques d’extraction des données déclarées fiables sont illustrées par des exemples présentant des biais différents.

Génétique | Génomique | Ruminants (général)

• Cassar-Malek I.
• Hocquette J.F.
• Listrat A.
• Meunier B.
• Sudre K.